SILMU ry:n hallituksella on vastuu yhdistyksen koko toiminnasta. Hankekäsittelyn osalta hallitus tekee tukihakemuksia koskevan tarveharkinnan, tarvittavat rahoituslinjaukset sekä ohjaa ja seuraa strategian toteutusta.
SILMU ry:n hallitus kokoontuu noin kerran kuukaudessa, kesäaikana harvemmin. Kokoukset järjestetään eri puolilla SILMU ry:n toimialuetta.
Yhdistyksen toiminnan selkeyttämiseksi on perustettu työryhmiä joiden tarkoituksena on tukea yhdistyksen toimintaa.